Такая проблема элементарно решается запретом на прокачку того что не было использовано во время сессии или не изучалось специально.

Поддерживаю как испытанное на себе. Правда, у меня не запрет, а договоренность с игроками. Со своей стороны, я стараюсь давать игрокам возможность такой прокачки. Я имею в виду, не заполонять подземелье сплошными гоблинами, а оставить место под пару шкафов с древними свитками, а уж будут их изучать игроки или нет - это уже их дело.