Ну, в этом как раз суть недостатка. Хочет того он или не хочет - а персонаж сотворит великое зло. И именно для этого его и хранит Судьба. Не сейчас, а через 3 сессии.
А навесить/снять преимущество или недостаток за сюжетные события - вполне нормальный поступок. Равно как и ввести то, что игрок сам себе взял как недостаток (сорри чувак, то что ты наломал дров - это судьба).

К тому же Великая/Теманя судьба - не такие уж и имбовые как кажутся: они отменяют только урон одного убивающего насмерть удара. Т.е. персонаж не выходит из боя, не защищен от того чтобы лежать в -40 или ауте... Пусть радуются пока не ощутят вкус пепла во рту )))

1) Самурай продолжает служить у дайме своей семьи.

Самурай приписаный к магистру остается верен своему дайме. Но дайме приказал служить магистрату - следовательно, приоритетней приказов магистрата только приказы дайме (которых не будет до конца службы)

Когда-то игрок случайно или так что мог предвидит сыграет свою роль в чем-то ужасном. Например по нелепому стечению обстоятельств развяжет войну между кланами. И тогда недостаток уйдет. Но пока оно не сыграло - это скорее преимущество. Поэтому лучше банить на старте.