По результатам расследования стало ясно что взломан был не РВ, а вероятно другой сайт на хостинге, откуда скрипт просто гулял по жесткому диску...
Не включало ли заражение изменения SAME ORIGIN POLICY сайта?
Солёные ли пароли в базе? Если да, сменить пароль стоит только здесь. Если нет - то везде, где используется тот же пароль.