Интересный вопрос.
Насколько я понимаю, кодифицированного боснийского языка на тот момент еще не было (это не значит, что на боснийском не говорили, но официальные документы на нем вряд ли писали). Кроме того, население Боснии было смешанным - помимо босняков-мусульман там еще и сербы-православные и хорваты-католики жили (а попытка австро-венгров их в один народ слить провалилась). Учитывая, что сербы писали и на латинице, и на кириллице, хорваты - только на латинице, и босняки тоже латиницей пользовались (например газета Bošnjak издавалась на латинице), а кроме того на латинице писали по-немецки и по-венгерски, я бы предположил, что в качестве официальной письменности именно латиница использовалась.
И вот еще вроде как официальный
патент на проведение собора (т.е. парламента) в Боснии и Герцеговине, написан на каком-то славянском языке (я боснийский от хорватского не отличу) латиницей.