Hero system чем плох?
Я все-таки рискну предложить d20, потому что если у тебя нету неприязни к самому этому дайсу, отторжения возникнуть не должно.Так что пробуй Mutants & Masterminds 2nd Edition.Она отлично поработает и с Freedom Force (а ее коровый сеттинг во многом похож), и нормально справится с метажанровым пересечением с озвученными тобой супершпионскими играми (Evil Genius, NOLF).
У меня кстати мысль возникала, что из днд4 могла бы получиться хорошая игра про супергероев, ну про то что бои интересно сделаны и пауэрсы воплощены, почти так как я хочу, да и во всём, что касается не боёвки, вроде как тоже нет "замудрений" механики.
На ум также приходит Champions RPG, но там совершенно зубодробительная механика.
Лично я за Fuzion
Это тот же HERO, про который уже говорили